Princíp vodnej fajky nie je nic zložitého. Natiahnutím vzduchu z hadice vzniká podtlak vo váze s vodou. Okolitý vzduch se nasáva cez rozžeravený uhlík a tabak. Tu vzniká dym, ktorý putuje cez telo fajky až do vázy s vodou. Dym sa tu ochladí a prefiltruje. Ochladený dym putuje cez hadicu až do fajčiarových úst.